Bafa Gölü’nde, Mayıs ayında meydana gelen alg patlamalarından sonra başlayan ekolojik bozulmaların şekil değiştirerek devam ettiği görülmektedir.Mayıs ayında meydana gelen bozulmalardan sonra, yağmurlarla göle su girişi olmuş ve Büyük Menderes Nehri’nden bir süreliğine göle su akışı sağlanmıştır. Pamuk tarımı başladığından, göle su girişi sağlayan ve gölden su çıkışını temin eden kanalların önü toprakla kapatılarak, su giriş –çıkışları pamuk sulama mevsiminin bitimine kadar durdurulmuştur.
Bafa Gölü’ndeki ekolojik bozulmaların en net şekilde görüldüğü Kapıkırı’nda, gümüş balıklarının binlercesi ölerek kıyıya vurmuştur.
SDÜ Eğirdir Su Ürünleri Fakültesi’nden EKODOSD bilim danışmanı Yrd. Doç.Dr. Erol KESİCİ “ İlk belirlemelere göre Bafa Gölü’nün Kapıkırı bölgesinde meydana gelen balık ölümlerinin nedeni, sudaki oksijen yetersizliği ve sudaki bulanıklık nedeniyle balıkların solungaçlarının tıkanması sonucu havasızlıktan dolayı adeta balıklar suda boğulmuşlardır. 
Akdeniz kökenli olan ve göllerimize balıklandırma yöntemiyle de katılan Gümüş balıkları(Atherinaboyeri- boyları 5-12 cm) deniz ve göllerde yaşayabilen çok - hareketli balıklarındandır. Çok farklı su özeliklerinde yaşayabilen dayanıklı balık türleri olmasına rağmen, Bafa Gölü’nde kitleler halinde gümüş balığı ölümlerinin görülmesi düşündürücü olmasının yanı sıra göldeki kirliliğin diğer bir göstergesidir.
Bafa Gölü’nün yıllardır kirlilikte en somut göstergesi olan ve gölün dingin dönemlerinde gölün bilhassa batı kısmını tamamen kaplayan alg çoğalması hala devam etmektedir. Gölde birim alanda bulunması gereken Mavi-yeşil alg oranı binlerce kat fazladır. Bunun sonucunda gölde sediment miktarı artmakta buna bağlı olarak sudaki oksijen seviyesi önemli oranda azalmaktadır. Bunun sonucunda da su canlılarının- balıkların ölümleri gerçekleşmektedir.
Kirlilik ve bulanıklık nedeniyle gölün batı kesimini çamur rengine dönüştüren ve bu tür doğal olmayan renk değişiminin görüldüğü sularda öncelikle aşırı oranda oksijen seviyesinin düşmesi kaçınılmazdır ve her zaman için beklenen bir durumdur. 
Bafa Gölü’nün doğu kesimleri (GÖLYAKA - KAPIKIRI)coğrafik konumu bakımından farklı kesimi olup, tarihi-kültürel-ekolojik doku özelikleri yönünden çok zengin bir dokuya sahiptir. Bu kesim adeta büyük bir koy görünümünde olup, çok hassas bir yapıya sahiptir.
Bu nedenledir ki Bafa Gölü’nün en çok kirlenen, gölün atıklarının yoğun olduğu ve gölde tuzluluk oranının en yüksek olduğu kesimdir. Doğal yapısı korunmayan bölgede göl suyu aşırı oranda bulanık, hava koşullarına ve sedimente bağlı olarak suyu farklı renklere bürünmekte(mavi—yeşil-sarı-kahve rengi) ve dalgalanmaya rağmen sudaki çözünmüş oksijen seviyesi oldukça azdır(1-3 mg/l.). Su sıcaklığının etkisiyle birlikte, su kalitesinde bu tür çok farklı değişim gösteren göllerde canlıların yaşaması söz konusu değildir.
Bafa Gölü’nün coğrafik ve ekolojik bakımdan farklılık gösteren dışarıdan su girişinin olduğu SERÇİN kesiminde(gölün kuzey- batı-batı kesimlerinde) suda çok fazla bulanıklık söz konusu olmayıp, oksijen seviyesi Gölyaka ve Kapıkırı’ya nazaran daha iyi olup bu kesimde de balıkçıların ifadelerince balık bereketi söz konusudur. Bu kesim tür çeşitliliği ve su kalitesi yönünden farklılıklar içermektedir.
Bafa Gölü’nün sorununu da, çözümünü de gölle çalışan bilim insanları defalarca dile getirmekte ve önerilerini sunmaktadır. Yıllardır bu konuda çalışmalarını özveriyle sürdüren bilim insanlarına kulak verilmeli ve çözüm için girişimlerde bulunulmalıdır. Bafa Gölü önlem alınmaz ise önümüzdeki günlerde çok daha ciddi sorunlarla karşı karşıya kalabilir. Bir gölde aşırı kirlilik göstergesi olan alg çoğalması sonucunda gölün suyu yeşile-kahverengiye boyanıyorsa ve gölün içindeki dayanıklı balıklar kitleler halinde ölüyorsa artık beklenmemelidir. Balık ölümlerini ilgili kurumlara bildirdik.