Türkiye’de biyolojik çeşitlilik açısından en zengin sulak alanlarından biri Büyük Menderes Deltası’dır. Binlerce yıl etrafında şekillenen uygarlıklara bereket getiren, taşıdığı alüvyonlarla verimli ovalar yaratan Büyük Menderes Nehri, bölgedeki biyolojik çeşitliliğinin zenginleşmesine yol açmıştır.Fauna ve flora açısından zengin türlere ev sahipliği yapan Büyük Menderes Deltası’nda, nesli küresel ölçekte tehlike altında bulunan Tepeli Pelikanlar başta olmak üzere 256 kuş türü bulunmaktadır.
Nehrin en büyük sorunu; havza boyunca yer alan endüstriyel tesislerin arıtmasız atıkları ve yerleşim yerlerinin evsel atıkları olup, kirliliğin son durağı da Büyük Menderes Deltası’dır.Deltayı ikiye bölen Büyük Menderes Nehri’nin her iki yanını, ekolojik bir perde gibi saran kargı kamışları çevirmiştir.Menderes ekosistemi içerisinde kargıların işlevi, sadece menderesin kirli sularını filtrelemek değil, aynı zamanda kuşlar ve yılanlar için yaşamsal önemi olan üreme, barınma ve beslenme alanını oluşturmaktadır.
Büyük Menderes Nehri’nin, ana tahliye kanalıyla birleştiği noktadan denize kadar devam eden her iki kıyısındaki kargı kamışları yoğun insan baskısı altındadır.
Nehrin yaklaşık 3 km.lik denize giden bu bölümü, denize yakın olması ve balık yoğunluğu oluşturduğu gerekçesiyle, özellikle hafta sonları Aydın, yakın il ve ilçelerinden gelen amatör balık avcılarının istilasına uğramaktadır. Koruma-kullanma dengesi gözetmeden ve kontrolsüz olarak gerçekleştirilen buradaki faaliyetler, alandaki biyolojik çeşitliliğe büyük zarar vermektedir. Nehrin her iki kıyısında neredeyse 10 metrede bir kargılar tahrip edilerek, cepler açılıp balık avı yapılmaktadır. Bazen yaktıkları ateş sonucunda alandaki kargılar yanmaktadır. Bakir bir alan olması rahatlığıyla, burayı kullananlar tarafından çevre kirletilmektedir.
Bu alanda kargı kamışlarının asıl sahipleri olan, burayı yaşam alanı seçen, üreyen ve beslenen birçok canlı türü bulunmaktadır. Bunların arasında önemli kuş türleri ve Natrix tessellata olarak bilinen su yılanları bulunmaktadır. Kuşlarla, yılanlar arasındaki ekosistem doğal bir şekilde devam etmektedir. Buradaki insan tahribatları ve faaliyetleri, kargı kamışlarını kullanan canlıları olumsuz etkilemektedir. Alandaki faaliyetlerin ekolojik dengeye zarar verdiği, çevreyi kirlettiği, kargı kamışlarını tahrip ettiği görülmektedir.
Alanın bakir bir yerde olması, hiç kimseye doğayı hoyratça kullanması, çevreyi istediği gibi kirletmesi ve burada yaşayan canlılar yokmuş gibi davranması hakkını vermemelidir.
Bu tür önemli alanlarda yapılacak faaliyetler kontrollü ve denetimli olmalıdır. Ekolojik dengeyi bozacak hiçbir faaliyete izin verilmemelidir. Daha çok çevre bilincini almış, doğaya duyarlı kişilerin yaptığı kuş gözlemciliği, yaban hayatı gözlemi, foto safari gibi faaliyetler teşvik edilerek, kontrollü bir şekilde yapılmalıdır. Bu sayede hem doğa korunmuş olur, hem bölgenin tanıtımı yapılır, hem de yöre insanları ekonomik olarak kazanç sağlamış olurlar.